動盪的幕府末期，各方爭鳴的渾沌年代，千人斬拔刀齋（佐藤健 飾）以其萬夫莫敵的飛天御劍流活躍於暗殺界；但隨著新時代的來臨，拔刀齋立下不殺之誓，從此隱姓埋名浪跡天涯......
明治11年，一名自稱拔刀齋的男子隨意斬殺路人，人心惶惶。繼承了神谷活心流道場的女孩神谷薫（武井咲 飾）魯莽的挑戰對方，危急之下被自稱「緋村劍心」的神祕男子所救。小薫留下劍心在道場修練，卻意外發現眼前的落魄浪人，竟是貨真價實的「千人斬拔刀齋」？！而假冒拔刀齋之名作惡的，則是受雇於黑心實業家武田觀柳（香川照之 飾）的瘋狂殺手刃衛（吉川晃司 飾）。
狂傲的武田妄想征服世界，不僅挾持女醫師高荷惠（蒼井優 飾）製作新型鴉片牟利，還計畫對居民下毒，迫害神谷道場。這些邪惡勾當雖然被警官齋藤一（江口洋介 飾）盯上，但武田依然為所欲為，擁有了歸處與夥伴的劍心，看著眼前的幸福遭受莫大威脅，毅然決然前往重兵把守的武田巢穴，一場激戰即將引爆......
